قرآن در موارد متعددي براي اثبات مدعيات خود (و يا توجيه بعضي احکام شرعي) دلايل ضعيفي آورده است و همين مرا به شک مياندازد که مگر ممکن است خدايي عالم و حکيم چنين استدلالهاي ضعيفي را بياورد:
هرجا که آنها را بیابید بکشید و از آنجا که شما را رانده اند، برانیدشان، که فتنه از قتل بدتر است. و در مسجد الحرام با آنها مجنگید مگر آنکه با شما بجنگند. و چون با شما جنگیدند بکشیدشان که این است پاداش کافران.
برخی از مسلمانان با طرح این پرسش در برابر شکاکان و کسانی که آنها را برای تحقیق بیشتر، یا بررسی ادعایی به قرآن رجوع می دهند، تلاش می کنند استدلال کنند که قرآن اشکالی در خود ندارد. چرا که اگر داشته باشد، نخستین قومی که متوجه آن می شوند اعراب هستند زیرا همزبان قرآن هستند، در حالیکه آنها مسلمانند.
قاتِلُوا الَّذِينَ لا يُؤْمِنُونَ بِاللَّهِ وَ لا بِالْيَوْمِ الآْخِرِ وَ لا يُحَرِّمُونَ ما حَرَّمَ اللَّهُ وَ رَسُولُهُ وَ لا يَدِينُونَ دِينَ الْحَقِّ مِنَ الَّذِينَ أُوتُوا الْكِتابَ حَتَّى يُعْطُوا الْجِزْيَةَ عَنْ يَدٍ وَ هُمْ صاغِرُونَ.
بكشيد آنان را كه ايمان نيارند به خدا و روز آخر و حرام ندارند آنچه را كه حرام كرده است خدا و رسولش و نمى گروند به كيش حقّ از آنان كه داده شدند كتاب را تا جزيه پردازند از دسترنج خود (با دست خود يا به جاى خود) و ايشانند سرافكندگان
دوست دارند همچنان که خود به راه کفر میروند شما نیز کافر شوید تا برابر گردید. پس با هیچ یک از آنان دوستی مکنید تا آنگاه که در راه خدا مهاجرت کنند. و اگر سر باز زدند در هرجا که آنها را بیابید بگیرید و بکشید و هیچ یک از آنها را به دوستی و یاری برمگزینید.
ای کسانی که ایمان آورده اید، مشرکان نجسند و از سال بعد نباید به مسجد الحرام نزدیک شوند، و اگر از بینوایی میترسید، خدا اگر بخواهد به فضل خوش بی نیازتان خواهد کرد. زیرا خدا دانا و حکیم است.
سزاى كسانى كه با [دوستداران] خدا و پيامبر او مى جنگند و در زمين به فساد مى كوشند جز اين نيست كه كشته شوند يا بر دار آويخته گردند يا دست و پايشان در خلاف جهت يكديگر بريده شود يا از آن سرزمين تبعيد گردند اين رسوايى آنان در دنياست و در آخرت عذابى بزرگ خواهند داشت.
و آنگاه را که پروردگارت به فرشتگان وحی کرد: من با شمایم. شما مومنان را به پایداری وادارید. من در دلهای کافران بیم خواهم افکند. بر گردنهایشان بزنید و انگشتانشان را قطع کنید.