داروین در کتاب خواستگاه گونه ها(On the Origin of Species) تاکید بسیار زیادی بر روی اهلی کردن دارد، خیلی از شواهدی که برای فرگشت به دست می دهد برگرفته از پژوهش های بسیار ژرف و دقیق اش در چگونه اهلی کردن جانداران وحشی بود .

تحقیق بر سر گاوان، کبوتران، گیاهان، سگها حتی تا انجایی پی گیر است که در چند باشگاه تربیت پرنده ها نام نویسی می کند. داروین این را در نظر دارد که ما اگاهانه انتخاب کردیم که کدامین زیرگونه با کدامین زیرگونه تولید مثل کند و تغییراتی که به حال ما سودمند بود را تقویت کردیم حال اینکه انتخاب طبیعی تغییراتی را که به حال جاندار سودمند است را حراست می کند، داروین می نویسد: «»انسان قادر نیست که قابلیت تغییر را پدید آورد و نه می تواند از آنها جلوگیری کند تنها کاری که او می کند این است که تغییراتی را که ظاهر می شوند را جمع بندی و نگه داری کند. ما در اهلی کردن شاهد تکوین پاره ای از تغییرات مفید برای خودمان هستیم آیا احتمال ندارد که در جریان نبرد بزرگ حیات طی هزاران نسل از برخی نقطه نظرهای دیگر نیز در جانداران تغییرات مفید و ممیزی بروز کند؟»» پاسخ بدین پرسش داروین سنگ بنای شناخت انتخاب طبیعی است، فهم این نظریه چیزی دشواری نیست انتخاب طبیعی بسیار ساده تر از دیگر نظریات علمیست ولی چیزی که درک این نظریه را سخت می کند را داروین خود توضیح می دهد: «»علت بیزاری طبیعی ما از قبول اینکه جانداری از جاندار متمایز دیگری پدید آید این است، که ما برای شناخت تغییرات عظیم آمادگی نداریم لذا قادر به دیدن پیشرفت ها نیستیم ، ذهن ما قادر به درک مفهوم ده میلیون سال نیست و از عهده ی جمع آوری و نگهداری اثرات کامل مجموعه ی بزرگی از تغییرات سبک بر نمی اید که طی بیشمار نسل فراهم آمده «» به راستی که این نابغه ی طبیعت دان درست می گوید درک نکردن فرگشت به دلیل کم بودن ظرفیت مغز ما در برابر زمان های دور و بسیار بزرگ است از یک طرف و از سویی اینکه ما خود را جدا از طبیعت قلمداد می کنیم، ذهن ما در فهم ضریب زمانی که تغییرات و دگرگونی هایی که در یک محیط و بر روی جانداران ایجاد می شود ناتوان است چونکه این تغییرات کوچک اند و بسیار آهسته پیش می روند و حاصل اینها نتایجی به بار می آورند که سبب تعجب ما می شود.

داروین بعد از آوردن کلی دلیل و گواه، انتخاب طبیعی را اینچنین تعریف می کند» هنگامی که دگرگونی و تحولات سودمندی در جانداری پدید آید، افراد واجد آن در تنازع بقا و دوام بخت بیشتری خواهند داشت ، و بر طبق توارث بازماندگانی با همان ویژگی ها از آنها زاده می شود. من این حراست از دگرگونی های مفید و بقای اصلح را انتخاب طبیعی می نامم»» برای داروین چند چیز بسیار مهم است که به آنها پافشاری می کند، اینکه در گیرودار شرایط متغییر حیات در اغلب جانداران تفاوت های فردی پدید می آید و چیزی های مانع انبوه شدن جانداران طبق تولید مثل تصاعدی می شود همه جانداران در دوره ای، فصلی یا سنی در معرض جنگ برای بقای بسیار خشن قرار می گیرد. برای فهم انتخاب طبیعی باید اینرا در نظر گرفت که تولید مثل ماهیان بسیار زیاد است اگر قرار باشد که تخم های هر ماهی به ثمر برسد و در چرخه ی حیات بماند انوقت چه جایی برای دیگر جانداران می ماند؟ یا باکتریها که مثالی برای تولید مثل تصاعدی اند؟ ان عواملی که سبب می شود از این تولید مثل سرسام آور جلوگیری کند را ما می توانیم در واژه انتخاب طبیعی تعریف کنیم، انتخاب طبیعی همانند یک غربال در پهنه ی حیات می ماند که هرجانداری را مجبور به رد شدن از درز ها و سوراخ هایش می کند و هرجانداری که توان عبور از سوراخ های این غربال را ندارد باید تن به مرگ بدهد یا بازمانده ی کمتری از خود به جا می گذارد ،که البته در هر دوره شکل و اندازه ی این غربال تغییر می کند. انتخاب طبیعی چیزی قابل مشاهده نیست، بیشتر نامی برای یک سری از عوامل است. اتاقی را تصور کنید که جاندارانی در آن زندگی می کنند در ارتفاع یک متر و نیمی این اتاق تیغی برنده که همیشه در حرکت است وجود دارد، در این اتاق این جانداران باهم تولید مثل می کند تا که هر کدام دارای قدی بالای یک متر و نیم که شد کشته می شود اگر ما این رخداد را ضرب در یک زمان چندین ساله کنیم در پایان می بینیم که دیگر بیشتر جانداران در این اتاق قدی بیشتر از یک متر و نیم نخواهند داشت، به همه عواملی که سبب شد قد این جانداران در یک مقیاس مشخص ثابت بماند انتخاب طبیعی می گوییم . تغییراتی که منجرب شد قدها ثابت بماند توسط تیغ یعنی عاملی که مرگ و زندگی را رقم می زد حراست و نگهداری شد، البته اگر به جای انتخاب طبیعی ما از واژه ی حراست طبیعی یا مطلوبات طبیعت یا حمایت طبیعی استفاده کنیم همچین اشتباه نکرده ایم. داروین می نویسد: «» اغلب گمان می کنند که اصطلاح انتخاب طبیعی موجب قابلیت تغییر است و حال آنکه عمل انتخاب طبیعی حراست از تغییرات است که در جاندار پدید می آید و در پهنه ی حیات به حال جاندار مفید می افتد»» اگر گمان می کنید که انتخاب طبیعی سبب تغییرات در جانداران می شود یعنی اینکه انتخاب طبیعی رنگ جانداری را عوض می کند یا به جانداری بال و پر می دهد تقریبا چیزی از فرگشت نفهمیده اید یا اگر با این پیش فرض در باب این نظریه تحقیق می کنید بهتر است پژوهش را متوقف کنید و به کار دیگر بپردازید زیرا انتخاب طبیعی فقط و فقط حامی، نگهدارنده و عامل حراست از تغییرات جانداران است نه پدید اورنده ی این تغییرات .

بسیاری از خرده گیری هایی که به داروین شد به سبب درک ناچیز ان عده از گفته های وی بود، او بار ها این داستان را تکرار می کنند که خیلی از منتقدین من گفته ها و نظریات من را متوجه نشده اند. داروین با بیانی دلخورانه می نویسد «» به من ایراد می گیرند که انتخاب طبیعی را نیرویی فعال همچون الوهیت قلمداد می کنم اما به این حقیقت که حرکات سیارات با نیروی جاذبه تنظیم می شود ایرادی نمیگیرند «» داروین با شخصیت بخشی به طبیعت مشکل دارد ولی زبان نوشتاری ما با این شخصیت بخشی قابل فهم می شود همانطور که در شیمی می گوییم که عنصر الف میل به پیوند قوی تر با عنصر ب دارد. در اینجا ما شخصیتی، هدفی، الوهیتی یا اراده ای برای واژه میل قلمداد نمی کنیم بلکه برای شفاف سازی از این واژه استفاده می کنیم، در بخش هایی از این کتاب انقلابی داروین به طرح افرینشی ها حمله می کند و به جنگ بین ایمان و عقل دامن می زند. وی می نویسد»»»آیا فرضیه آفرینش ارگانیسم های جاندار با جمیع مختصات کنونی که دارند مبین علت وجودی اندامهایی هم هست که آثار بی ثمری را به همراه دارند؟ «»» و در ادامه می نویسد «»آیا این فرضیه آفرینش به ما خواهد گفت که علت اندام هایی مثل دندان های پیشین فک فوقانی در ایام جنینی گاو یا چشم در جانداران سوراخ کن که در اعماق زمین زندگی می کنند چیست؟»» وی برای رد طرح آفرینش و اینکه عقیم در تبیین طبیعت است به اندامهای تحلیل رفته اشاره می کند اندام هایی که دیگر توسط انتخاب طبیعی به دلیل غیر سودمند بودنشان حمایت نشدند ولی در بازماندگان بروز می کنند. که خود این اندام ها از جمله شاهدانی برای نظریات داروین به شمار می روند و نشان از دگرگونی جانداران در طی نسل ها می دهد. داروین برای اینکه تاکید بر سر تدریجی بودن فرگشت بکند و این اندیشه ی افرینش آنی را کنار بزنم اشاره می کند به این داستان که «»ترکیب استخوان بندی دست انسان، بال خفاش، ساق پایه ی اسب و گردن فیل و زرافه که از یک شمار مهره مرکب اند چیزی جز شکل گیری تداوم با تغییرات پیاپی و خفیف نیست من گمان نمی کنم که فرضه ای نادرست قادر به تبیین اینچنین انبوهی از پدیده ها باشد که با آنها دست به گریبانیم «»

داروین در باب شواهد فسیلی اینچنین می نویسد: «»قشر جامد زمین و آنچه را که در آن مدفون است را نباید موزه ای تمام عیار دانست بلکه مجموعه ی فقیری است که نمونه ها بر حسب اتفاق و با فواصل زمانی زیاد، اینجا و انجا در آن فرو رفته اند»» وی به درستی می گوید که طبیعت مسئولیتی در باره ی به جا گذاری فسیل برای ما ندارد، شرایط محیطی عظیمی نیاز است که بقای یک جاندار مرده بتواند دست نخورده بماند. اغلب نافهمان این نظریه از این نتیجه می شود که به زمین به مثابه ی یک موزه ی دقیق نگاه می کنند که سنگواره یکایک جانداران بابد در آن یافت شود، داروین این خرده را که چرا سنگواره های بینا بینی بیشماری یافت نمی شود، می نویسد:»» دلیل اینکه سنگواره های بی شماری از حلقه های بینا بینی یافت نمی شود، این است که اطلاعات زمین شناسی ما ناقص است و دوم اینکه تغییرات بسیار کند روی داده «» او بر سر اصول زمین شناسی بسیار تاکید دارد و همچنین عظمت دوره های زمین شناسی تا جایی که می گوید «» اگر کسی به عظمت و میزان تغییری که در ادوار پیشین روی داده پی نمی برد بهتر است کتاب من را ببندد و به کناری بگذارد «» و برای اینکه چرا ما گاهی تغییراتی در بعضی از جانداران مشاهده نمی کنیم و یا تغییرات چنان که باید چشم گیر نیستند، اینگونه می نویسد «»من هیچ قانونی برای الزامی بودن فرگشت نمی شناسم، قابلیت دگرگونش هرگونه امری است مستقل و انتخاب طبیعی به جز وقتی که تغییر پیدا شده در تنازع بغرنج بقا به حال موجود مفید واقع نشود مداخله نخواهد کرد و از سوی دیگر مقدار دگرگونی در گونه های مختلف به هیچ روی یکسان نیست «»